Jonathan Scott Frakes wurde am 19. August 1952 in Bellefonte in Pennsylvania geboren. Er ist der Sohn von Doris J. (Yingling) und Dr. James R. Frakes. Seine Eltern zogen mit Jonathan und seinem jüngeren Bruder Daniel nach Bethlehem im Osten von Pennsylvania. Dort lehrte sein Vater Englisch an der Lehigh University, wo er bis zu seinem Tod im Jahr 2002 den Fairchild-Lehrstuhl für amerikanische Literatur innehatte. Frakes ist deutscher und englischer Abstammung.
Während seiner Kindheit lernte Jonathan von seinem Vater den Jazz kennen und begann in der vierten Klasse Posaune zu spielen. Als Kind war er immer freundlich, lustig und hatte ein ausgeprägtes schauspielerisches Talent, so ein Freund aus seiner Kindheit. In der High-School spielte er in einer Band. Er schloss die Liberty High in Bethlehem im Jahr 1970 ab. Er studierte danach an der Pennsylvania State University Psychologie. Im nächsten Sommer arbeitete er als Moderator für das örtliche Theater. Dies veranlasste ihn in das Hauptfach der Theaterkünste zu wechseln. 1974 schloss er es mit einem Bachelor ab. Er zog nach Boston, um 1976 seinen Master-Abschluss an der Harvard University zu machen.
Nach seinem Abschluss zog es ihn nach New York, wo er sich als Schauspieler durchzuschlagen versuchte. Er spielte in einigen Broadway-Stücken mit und tourte für "Marvel Comics" als Captain America durch das Land.
Das erste Mal konnte man Jonathan Frakes in der Serie "The Doctors" im Fernsehen sehen. Später zog es ihn nach Los Angeles, wo weitere Serien- und Theaterauftritte folgten. Bekannt wurde er im TV-Mehrteiler "Fackeln im Sturm". Dort lernte er auch seine spätere Frau Genie Francis kennen. Regie führte Jonathan Frakes das erste Mal in "Raumschiff Enterprise - Das nächste Jahrhundert" in der Episode "Datas Nachkomme". Wegen seiner effizienten Regieführung bekam er später den Spitznamen "Two-Takes". Zwischen 1998 und 2002 war Jonathan Frakes Moderator von "X-Factor: Das Unfassbare". Heute ist er Regisseur in der Fernsehserie "Star Trek: Discovery".
